浅井三姉妹の次女・お初(常高院)が、夫・京極高次の菩提を弔うために建立。小浜出身の槐堂周虎禅師を迎えて開山。お初は大阪冬の陣・夏の陣で徳川、豊臣両家の和平で奔走したことでも歴史に名を残している。寛永10年(1633)、お初が江戸で亡くなり、常高寺に埋葬された。常高寺には、お初の貴重な肖像画や自筆の消息、書院に遺る壁画など、往時の盛運を偲ばせる。